第一、 转基因食品对生命健康造成严重危害。
根据最新的科学研究成果：转基因技术存在巨大的不可控性，会产生不可预见的基因突变和危害，造成未知疾病；而且会产生抗生素耐药性（市场上卖的转基因木瓜都含有抗生素基因），及新的毒素，增加人体的过敏反应，并减少食品的营养价值或重要成份。特别是对儿童的生长发育造成严重损害。
尤其抗草甘膦转基因作物中的“草甘膦”成分危害巨大。在美国的调查发现草甘膦使农民中骨髓瘤的发病率上升。欧州研究发现使用草甘膦的人群中淋巴瘤的发病率是不使用人群的2.3倍，特别和不孕不育、生育畸形等疾病有密切的关系。我国进口的美国转基因大豆从不检测草甘膦残留量，国外允许大豆草甘膦残留量的许可标准是美国制定的20mg/kg，此标准已经比美国未种植转基因大豆时由其环保部（通过动物实验）制定的0.2mg/kg提高了100倍。而我们中国却连这个高标准的限制都没有。
抗虫的转基因作物转的是Bt基因。经研究表明：含Bt毒蛋白的转基因水稻等食物，会对人体的免疫系统造成巨大破坏。转基因水稻花粉中含大量Bt毒蛋白，会导致人体严重过敏反应，更对呼吸道和皮肤存在毒性，提高哮喘的发病率。下面是转基因危害的一些实例：
《国际先驱导报》于9月发表文章：山西吉林等地出现老鼠灭绝，多种牲畜生育障碍及幼仔异常死亡等现象，怀疑与种植美国种业巨头杜邦公司研发的先玉335玉米有关，这种玉米已被证实其父本在美国的专利书上标明是转基因玉米。此报导引起了社会各界的广泛关注。
广西新闻网报道：广西在校大学男生精液不合格率达到56.7%。恶性肿瘤成广西居民死亡头号杀手，居全国首位。而美国孟山都公司从2001年至今在广西推广了上千万亩“迪卡”系列疑似转基因玉米。湖南都市频道报道：目前长沙每6对夫妇就有一对夫妇需要借精生子，很多都是因为得了男性无精子症。早在2005年湖南省就出现了大批非法种植的转基因水稻。中国新闻网：
2011年12月26日中国妇联执委公布了：“中国不孕不育患者数已超5000万”这一重大新闻。现情况还在不断恶化，全国各地捐精合格率已降至10%——30%。
2007年，法国科学家证实：孟山都公司生产的一种转基因玉米对人体肝脏和肾脏具有毒性。
2009年05月美国环境医学学会发表声明强烈建议不要给病人食用转基因食品，因为转基因食品有可能会加重病人的病情。
1998年秋，苏格兰Rowett研究所的普兹泰教授(Pusztai)在电视上公开宣称，食用了转基因土豆的小白鼠肾脏、胸腺和脾脏生长异常或萎缩或生长不当，脑部萎缩，多个重要器官也遭到破坏，免疫系统变弱。
2006年，俄罗斯科学院高级神经活动和神经生理研究所科学家伊琳娜艾尔马科娃博士研究发现，食用转基因大豆的老鼠，其幼鼠一半以上在出生后不久死亡，是没有食用转基因大豆老鼠死亡率的6倍。最近又用大量实验证明，转基因食品会让老鼠三代后失去生育能力！
2011年，美国一些动植物学家用电子显微镜发现了孟山都抗草甘膦转基因大豆和玉米中有一种病原体，可使动、植物都致病并绝种。
第二、 转基因作物对生态造成巨大威胁
1、连续几年种植过转基因作物后，因转基因植物及其除草剂的毒性，土壤将不能再种原有作物。
2、转基因作物的花粉飘移污染，将使天然种子不复存在。
3、转基因作物特性和毒性，会给相邻植物带来灭顶之灾，破坏生物多样性。
4、转基因植物的花粉会杀死蜜蜂和蝴蝶，美国曾报导过出现了大量蜜蜂消失的情况。
5、次生害虫大爆发，并产生无法对付的超级虫，农药用量反而增加。 在阿根廷，传统谷物种植田地几乎全部被转基因大豆侵占。“农达”除草剂（草铵膦）在除去杂草的同时，也杀死了附近农民的庄稼。大量微生物被杀灭，大批动植物死亡，并出现很多畸形变异，水质变坏， 环境彻底破坏。美国农民过度使用孟山都制造的“农达”除草剂，导致抗除草剂巨型超级杂草迅速滋生，无论机械还是手持工具都对其奈何不得，大片土地因此废弃。
美国孟山都公司是制造化学武器橘剂（越战美军的化学武器）、牛生长素、多氯联苯物、农达（草甘膦）等多种剧毒化学品的全球化工巨头，是全球90%转基因技术的控制者。
第三、 农民的利益会受到什么样的严重损害？
除向美国孟山都等种子垄断公司支付昂贵的种子费和专利费外，农民还要使用这些公司销售的转基因种子专用除草剂、化肥，当美国种子公司以其转基因种子形成垄断后，农民就沦为其新农奴。印度20万转基因棉农自杀，阿根廷因种植转基因大豆毁灭了其农业经济，贫困人口从5%暴增至51%，在美国、南非、中国，转基因作物已给当地农民造成无法估计的巨大损失。
第四、 为什么会威胁国家粮食安全和种族安全？
资本主义国家垄断集团以其雄厚的技术及资本实力，掌控着几乎全部的转基因技术和专利。中国如果大规模推广转基因粮食，跨国公司将控制我国的粮食生产，我国的粮食安全将无从谈起。
转基因食品面临非法生产的质疑！
最近，我国卫生部《政府信息不存在告知书》卫证申复【2011】42号确认，“未受理或审批过”：
①美国孟山都抗草甘膦转基因大豆品系加工生产转基因大豆油；
②采用“化学浸出”工艺加工生产专基因大豆油；
③其他转基因大豆成分专基因食品。
由此，可以确定由转基因大豆加工的所有转基因食品，都是“非法转基因食品”
